De Eben‑Haëzerschool ging in september 1967 als tweeklassige school met 46 leerlingen van start aan de Larikslaan te Rhenen. Er werd lesgegeven aan klas één tot zes. Juffrouw van Manen-Hovius gaf les aan de klassen één en twee. De directeur was meester Flikweert; hij gaf les aan de klassen drie, vier en vijf.

De school groeide gestaag en het ruimtegebrek werd steeds nijpender. Toen op de Koerheuvel bejaardenwoningen werden gebouwd, kwam bestuurslid De Jong met het voorstel om toestemming te vragen of er op het terrein tegenover de woningen een school gebouwd mocht worden. Na overleg met het gemeentebestuur kreeg het schoolbestuur toestemming om in het voorjaar van 1977 aan de Koerheuvelweg een vijfklassige school te bouwen.

In 1983 mochten er twee noodlokalen bijgeplaatst worden waar de kleuterschool in gehuisvest werd. In 1985 kreeg de Eben‑Haëzerschool toestemming om er twee lokalen bij aan te bouwen. Later werd het schoolplein veranderd in een schoolhof; er werd een verdieping op de school gezet om daar een nieuwe personeelskamer en individuele ruimtes te realiseren.

De basisschool groeide na nog verschillende uitbreidingen uit tot een school met ruim 450 leerlingen verdeeld over  zestien groepen.

In augustus 2006 daalde het leerlingenaantal naar ongeveer 360 door de start van de Sébaschool in Ochten.

Door de groei van het leerlingenaantal aan deze kant van de Rijn heeft onze mooie school ongeveer 350 leerlingen, verdeeld over 14 groepen.